A HACCP rendszer célja, hogy biztosítsa az élelmiszerek biztonságát a gyártási, tárolási és forgalmazási folyamatok során. A rendszer hatékony működése érdekében alapos dokumentációra van szükség, amely minden lépést és eljárást pontosan rögzít. A megfelelő dokumentáció segíti az élelmiszerbiztonsági előírások betartását, biztosítja a nyomon követhetőséget és átláthatóságot, valamint lehetővé teszi az ellenőrzéseket és auditálásokat.

HACCP dokumentáció számos részből áll. Az egyik legfontosabb dokumentum a veszélyelemzés. A HACCP rendszer alapja a lehetséges élelmiszerbiztonsági veszélyek azonosítása, értékelése és kezelése. A veszélyelemzés dokumentálása során a vállalatnak meg kell határoznia azokat a kockázatokat, amelyek befolyásolhatják az élelmiszerbiztonságot. A veszélyelemzéshez tartozik a lehetséges források és okok meghatározása, amelyek az adott kockázatot előidézhetik, valamint az azok kezelésére alkalmazott intézkedések részletes leírása. A következő kulcsfontosságú dokumentum a kritikus kontrollpontok (CCP) azonosítása és kezelése. A CCP-k azok a pontok, ahol a kockázatokat kell kontrollálni annak érdekében, hogy elkerüljük az élelmiszerbiztonsági problémákat.

A monitoring dokumentáció is alapvető része a HACCP rendszernek. A monitoring során azokat a paramétereket kell nyomon követni, amelyek biztosítják, hogy a kritikus kontrollpontok megfelelően működnek. A monitoring nyomon követésére alkalmazott berendezések és módszerek pontos leírása segít a folyamatos ellenőrzésben és az esetleges hibák gyors felismerésében. A korrekciós intézkedések dokumentálása szintén elengedhetetlen a HACCP rendszerben. Ha a monitoring során kiderül, hogy egy kritikus kontrollpont nem megfelelően működik, azonnali korrekciós lépések szükségesek.